FileMaker Server é um sistema de gerenciamento em servidor dos arquivos criados com o banco de dados relacional FileMaker Pro. Apesar da versão Pro ter como recurso o compartilhamento de arquivos, a versão Server permite centralizar o armazenamento dos arquivos.

As principais vantagens de se usar a versão Server em conjunto com a Pro é a maior disponibilidade dos arquivos - que podem ser acessados com maior facilidade e em tempo integral, além de facilitar backups - aumento de segurança e maior desempenho. Outra vantagem é a de facilitar o compartilhamento dos bancos de dados entre as versões para Windows e Mac.