A história do jogo começa depois que uma pane nos sistemas de defesa nuclear dos Estados Unidos lança, por engano, um ataque de mísseis nuclear a Washington, Moscou e Beijing. Como conseqüência, o próprio sistema de defesa se encarregou do contra-ataque e o resultado: menos de um milhão de sobreviventes agonizam sem esperança de um futuro melhor.

Para reconstruir o planeta o jogador deverá se unir ao The Project, um grupo paramilitar que luta pela reconstrução do planeta e liderar o renascimento da humanidade. O jogo apresenta três campanhas, com dezenas de missões de tirar o folego onde o jogador deverá usar toda sua estratégia, sangue frio e rapidez para coordenar ações e tomar decisões que influenciarão o futuro do mundo todo.